bildet zusammen mit dem X-Chromosom die Geschlechtschromosomen, von denen die Geschlechtsbestimmung abhängt; beide Geschlechtschromosomen weichen von den übrigen Chromosomen (Autosomen) meist in Größe und Form ab.

Beim weiblichen Geschlecht weist jede Zelle zwei X-Chromosomen auf (XX), beim männlichen dagegen je ein X- und ein Y-Chromosom (XY). Bei der Zeugung ergibt die Verbindung einer Eizelle (immer X-Chromosom) mit einem X-Chromosomen tragenden Spermium ein weibliches, mit einem Y-Chromosomen tragenden Spermium ein männliches Individuum. Das Y-Chromosom weist dem gezeugten Kind also das männliche Geschlecht zu.