Nukleotide wurden zuerst als Bausteine der Nukleinsäuren entdeckt und haben daher ihren Namen erhalten.

Sie sind Spaltprodukte des natürlichen Eiweißstoffs des Zellkerns. Sie bestehen aus einer Base, einem Monosaccharid (meist Ribose; ein Zucker) und einer Phosphorsäure. Base und Zucker sind durch eine N-Glykosidbindung verknüpft, die Phosphorsäure ist mit einem Hydroxyl der Ribose verestert. So ist ein Nukleotid ein Phosphorsäuremonoester der Nukleinsäuren, oder ein Phosphordi- und Phosphortrisäureester.

Besonders wichtig sind die 5′-Phosphate, die Bestandteil der Nukleotid-Coenzyme sind. Die höherphosphorylierten freien Nukleotide sind wichtige Energiespeicher und -überträger, wie z.B. Adenosintriphosphat (ATP). Desoxyribonukleotide sind die Bausteine der Desoxyribonukleinsäure (DNS), die Träger der genetischen Information ist. Nukleotide sind aber auch in gebundener Form Bestandteil der Ribonukleinsäure (RNS) und der Oligonukleotide.