die in ihrer topografischen Lage einander entsprechenden Gene der beiden Chromosomen eines vollständigen Chromosomensatzes. Ist ihre Wirkung identisch, spricht man von Homozygotie (Reinerbigkeit), anderenfalls von Heterozygotie (Mischerbigkeit) in Bezug auf die beeinflussten Merkmale. Ein Gen wird überhaupt erst erkennbar, wenn wirkungsverschiedene Allele gegeben sind.

Nach internationaler Übereinkunft gelten Regeln für die Bezeichnung der Allele, nach denen ein mutiertes Allel dann das "Dominanzsymbol" (den Großbuchstaben) trägt, wenn die Heterozygoten sich von der Ausgangsform unterscheiden. Von multipler Allelie spricht man, wenn eine Erbanlage mit mehr als einer Erbänderung im Allelenverhältnis steht (Pleiotropie). Die Stärke der Wirksamkeit eines Allels ist erst nach Analyse des Phänotyps möglich, der durch ein Zusammenspiel des gesamten Entwicklungsgetriebes entsteht. Die Häufigkeit bestimmter Allele kann rassentypisch sein.